4.2. Дизайн панели маркеров и план генотипирования пациентов

     По результатам анализа литературных данных были отобраны маркеры в генах COL8A2, SLC4A11, TCF4, LOXHD1, AGBL1. Подробная информация о маркерах представлена в табл. 5.

    Мутации в гене COL8A2 являются маркерами редкой формы ДФ раннего начала [161]. В исследуемой группе паци ентов есть те, возраст которых позволяет предположить у них раннюю ДФ (4 пациента). Для генотипирования этой группы пациентов были отобраны три SNP в гене COL8A2, которые встречались только у пациентов с ДФ: c.1363C>A (COL1), c.1363_1364delCAinsGT (COL2), c.1349T>G (COL3).

    Мутации в гене TCF4 являются в настоящий момент наиболее перспективными маркерами ДФ позднего начала. В панель маркеров были отобраны: регион тринуклеотидных повторов CTG18.1 (CTG), SNP rs613872 -c.451+42209C>A (TCF1) и rs17595731 - c.610+20798C>G (TCF2).

    Для максимизации результативности генотипирования из 11-ти известных мутаций в гене SLC4A11 были выбраны 4 мутации с наибольшей частотой встречаемости: c.99-100delTC (SLC1), c.1195G>A (SLC2), c.2126G>A (SLC3), c.2261C>T (SLC4).

    Также в панель генотипирования были отобраны мутация в гене LOXHD1 c.1639C>T (LOX) и две мутации в гене AGBL1 c.3082C>T (AGB1) и c.2969G>C (AGB2).

    Первично планировалось проведение генотипирования по маркерам COL1-3 у 4-х пациентов с ранней формой ДФ.

    Далее планировалось проведение генотипирования по маркерам TCF1, TCF2, CTG во всех образцах с поздней формой ДФ и образцах с ранней формой ДФ (образцы, у кого не будут обнаружены мутации в маркерах COL1-3).

    Образцы, в которых не будут найдены мутации в ранее описанных маркерах, пройдут генотипирование по редко встречающимся маркерам SLC1, SLC2, SLC3, SLC4, LOX, AGB1, AGB2.